是一所集康复、医疗、预防、中西医结合为一体的二级专科医院
儿童康复中心是山东省残联综合评审认定的自闭症、智障、脑瘫儿童三级康复机构，是山东中医药大学，河南中医药大学康复联盟单位,多次选派专业康复人员到北京、济南、郑州等国内知名康复机构进修学习。目前在院康复儿童近300人，其中，自闭症儿童180余人、智障儿童50余人、脑瘫儿童60余人。该中心拥有一支有医师、护士、康复师、心理咨询师和特教老师等80余人的专业儿童康复团队，本机构自2013年起开始承担国家残疾儿童救助项目，2021年度我机构签订项目总人数217人。
儿童康复中心建筑使用面积约5000平方米，分为儿童脑瘫康复区、儿童自闭症康复区、儿童智障康复区。设置功能用房有康复训练室、集体教学室、个训室、感统训练室、音乐室、游戏活动室、言语认知治疗室、运动治疗室、作业治疗室、物理因子治疗室、水疗室、儿童评估室、心理沙盘治疗室、蜡疗室、多媒体教室、家长培训室、针灸室、儿童推拿按摩室、生活情景模拟室等30余个治疗室。为确保康复治疗效果，近年购置了经颅磁治疗仪、言语训练治疗仪、听统治疗仪、生物反馈治疗仪等200多万元的设施设备和专业图书，拥有了比较齐全的康复设备，康复环境安全舒适。开设了作业治疗、运动治疗、言语治疗、引导式教育、物理因子治疗、传统中医针灸治疗、心理沙盘治疗、ABA行为干预治疗和教育康复（早期教育和特殊教育）等多种康复治疗项目。
主要治疗对象包括：脑瘫、自闭症、智力障碍、多动症、语言发育迟缓、臂丛神经损伤、运动障碍、偏瘫、周围神经损伤等儿童神经系统致残性疾病患儿。
目前，正大康复医院儿童康复中心是菏泽市规模较大的儿童康复机构，家长满意率、社会认可度较高。多年来为每位来康复中心治疗的患儿建立档案，为动态评估患儿疗效和制定康复方案提供依据。目前该康复中心的评估及治疗水平位居全市前列，力争三-五年迈进山东省儿童康复一流行列。
